Il missionario portoghese Luis de Almeida, che partecipò attivamente all’evangelizzazione di Kyushu, contribuì a un gran numero di conversioni, alla fine del XVI secolo. Amakusa divenne un centro molto attivo grazie alla fondazione dell’Amakusa Gakurin o Collegio di Amakusa dove, grazie alla presenza di una stampa Gutenberg, fu incrementata la diffusione di scritti religiosi e letterari. Se si aggiunge il fatto che i missionari e i fedeli originari della regione di Kyoto vennero a rifugiarsi ad Amakusa per fuggire gli attacchi di cui erano vittime, la regione si trasformò di conseguenza in uno dei più importanti bastioni del cattolicesimo in Giappone.
Questo spiega come mai la resistenza nei confronti della politica di divieti decisa dalle autorità degli shogun conobbe qui una resistenza particolarmente viva, soprattutto nel corso dei moti del 1637.
Fino a quel momento, il potere cercava di fare in modo che i locali provassero di non appartenere alla fede cristiana attraverso un’azione chiamata fumi-e: dovevano buttare a terra e mandare in frantumi l’effigie di Gesù o della Madonna. Coloro che rifiutavano di rinunciare alle loro credenze venivano deportati o più sovente, subivano un’esecuzione immediata. La violenza che si abbatté progressivamente su Amakusa condusse buona parte dei fedeli a ribellarsi sotto la guida del giovane Masuda Shiro, conosciuto soprattutto come Amakusa Shiro dove un memoriale gli è consacrato (977-1 Oyanomachinaka, Kami-Amakusa. Aperto dalle 9h alle 17h, 600 yen).
Circa 27.000 insorti si rifugiarono spesso il castello di Hara, un’antica fortezza situata nella prefettura di Nagasaki. L’edificio fu difeso con veemenza di fronte agli attacchi delle truppe mandate dallo shogun, composte da 120.000 uomini. Le rovine del castello sono state anch’esse iscritte alla Lista del Patrimonio Mondiale dell’Unesco. Si può inoltre scoprire presso il Museo dei Cristiani di Amakusa (19-52 Funenoomachi, Amakusa. Aperto dalle 8h30 alle 18h, 300 yen) un’impressionante ricostruzione della battaglia. Vi è esposto lo stendardo dei ribelli, una testimonianza diretta dell’impegno nella difesa della propria fede nei confronti di un potere deciso allo sterminio. Gli shogun ottennero addirittura il sostegno armato degli Olandesi stabiliti a Hirado, a nord di Nagasaki, affinché bombardassero il castello dal mare.